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PNAS | 一種超強效抗體可中和所有寨卡病毒,并能規(guī)避抗體依賴增強效應

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近年來,由寨卡病毒(ZIKV)感染引發(fā)的公共衛(wèi)生危機,尤其是其與新生兒小頭畸形等嚴重神經(jīng)系統(tǒng)疾病的明確關聯(lián),凸顯了開發(fā)有效防治手段的緊迫性。然而,疫苗與特效藥物的研發(fā)面臨多重獨特挑戰(zhàn):一方面,病毒在體內(nèi)外存在結構迥異的成熟與不成熟顆粒,二者都可能具有感染性;另一方面,常見的抗體介導的抗體依賴增強(ADE)效應,不僅可能導致二次感染加重,甚至可能使原本無感染性的不成熟病毒顆粒獲得侵入細胞的能力,這為安全有效的抗體療法設下了巨大障礙。

在此背景下,2025年12月24日,PNAS在線發(fā)表了一篇題為“An ultrapotent human antibody neutralizes all maturation states of Zika virus”的研究型論文,該研究對一種能高效中和寨卡病毒的超強效人源抗體(HMAB)A9E展開了系統(tǒng)性解密。研究者們通過高分辨率的冷凍電鏡結構生物學與功能實驗,首次清晰揭示了A9E如何“雙管齊下”——既能中和不同成熟狀態(tài)的病毒顆粒,又能巧妙規(guī)避或抑制危險的ADE效應,從而為開發(fā)下一代安全的抗病毒抗體藥物提供了關鍵的科學藍圖。


HMAb A9E 對 mZIKV 的中和機制

病毒聚集實驗發(fā)現(xiàn),A9E IgG可引起病毒顆粒聚集,聚集程度在抗體與病毒摩爾比為180:1時達到峰值。病毒中和活性在聚集高峰期間(抗體:病毒為60:1至180:1)顯著上升,但在更高抗體濃度下,即使聚集減少,中和活性仍持續(xù)增強附著前后中和實驗結果顯示,A9E具有附著后中和活性(PRNT50 = 55.1 ng/mL),但其效力比附著前中和(PRNT50 = 8.8 ng/mL)弱7倍,表明其可在病毒附著細胞前后均發(fā)揮作用附著抑制實驗發(fā)現(xiàn),A9E抗體(0.1-10 μg/mL)能夠抑制約70-80%的病毒附著到細胞表面膜融合抑制實驗結果顯示,A9E對融合的抑制能力較弱,在最高測試濃度(100 μg/mL)下僅抑制約40%的融合,且抑制效果隨抗體濃度降低而減弱。綜上,抗體A9E主要通過抑制病毒與細胞附著的步驟來發(fā)揮中和作用,從而阻止病毒感染。


圖1. 抗體A9E的中和機制

Fab A9E與mZIKV復合物的冷凍電鏡結構研究

研究者通過冷凍電鏡解析了mZIKV與Fab A9E復合物的結構,整體分辨率為2.8 ?。分析發(fā)現(xiàn),Fab結合未引起E蛋白二聚體顯著的結構變化。然而,在病毒表面180個E蛋白拷貝中,僅觀察到約140個Fab結合位點被占據(jù)。具體而言,位于五重軸和二重軸頂點附近的E蛋白分子A和B上的結合信號強,而位于三重軸頂點附近的分子C上的結合信號非常弱。進一步的局部重建和分類分析證實,每個三重軸頂點在任一時刻僅能結合一個Fab分子,這是由于已結合的Fab造成了空間位阻,阻止了其他Fab對相鄰表位的結合。當提高Fab濃度時,電鏡圖像中出現(xiàn)了更多表面結構發(fā)生扭曲的病毒顆粒。這些扭曲顆粒的E蛋白層向外移位,失去了完整病毒典型的多邊形形狀。這表明高濃度的Fab A9E能夠引起成熟寨卡病毒顆粒的結構變形。


圖2. mZIKV與Fab A9E絡合的低溫電鏡圖(3Fab:3E的摩爾比)

成熟寨卡病毒上的A9E表位

基于2.8?分辨率的復合物結構分析,A9E的表位被精確定位。該表位橫跨E蛋白的EDI結構域、EDIII結構域以及連接二者的鉸鏈區(qū)。結合界面處的側鏈密度清晰,局部分辨率達3.1-3.3 ?。分析顯示,Fab的結合足跡主要集中在EDI上,覆蓋了糖基化環(huán)、G0-H0環(huán)以及EDI-EDIII連接區(qū)。此結果與之前通過逃逸突變體等研究預測的表位區(qū)域相符。進一步的相互作用分析揭示了Fab與E蛋白之間存在五個主要的接觸斑塊,涉及Fab重鏈和輕鏈的多個互補決定區(qū)(CDR)與E蛋白上上述特定結構元件的相互作用,并且結合界面表現(xiàn)出電荷互補的特征。


圖3. Fab A9E與橫跨EDI和EDIII的表位結合,鎖定EDI -EDIII連接體

Fab A9E與ImmZIKV顆粒的相互作用

研究人員進一步探究了Fab A9E與完全未成熟寨卡病毒(immZIKV)顆粒的相互作用。冷凍電鏡分析顯示,在較低Fab濃度(1.5 Fab : 3 E蛋白)下,部分病毒顆粒結構保持完整,部分則發(fā)生變形;當Fab濃度升高(3 Fab : 3 E蛋白)時,大多數(shù)顆粒出現(xiàn)顯著變形。因此,研究以1.5:3的摩爾比解析了完整immZIKV:Fab復合物的冷凍電鏡結構,分辨率為7.5 ?。該結構表明,病毒表面180個E蛋白拷貝中僅有60個被Fab占據(jù)。


圖4. immZIKV與Fab A9E絡合的低溫電鏡圖

通過對三重軸頂點區(qū)域的局部重建,分辨率提升至6.5 ?,并確認該區(qū)域在任何時刻僅能結合一個Fab分子。與高分辨率的成熟病毒(mZIKV)復合物結構比對發(fā)現(xiàn),F(xiàn)ab在兩種病毒顆粒上的結合表位區(qū)域高度重疊。此外,研究觀察到,即使是在較低Fab濃度下,已有部分病毒顆粒的脂質(zhì)雙層膜出現(xiàn)扭曲;而高濃度Fab則導致絕大多數(shù)immZIKV顆粒結構發(fā)生顯著變形,推測這可能是由于抗體結合干擾了病毒表面結構(如分子A或B)所致。這些結果表明,A9E抗體同樣能夠有效結合并破壞未成熟病毒顆粒的結構。

HMAb A9E對ImmZIKV的ADE活性

研究表明,未成熟寨卡病毒(immZIKV)本身感染性較弱,但可通過與抗體結合形成復合物,利用抗體依賴性增強(ADE)機制感染表達Fcγ受體的髓系細胞。IgG A9E引起ADE所需的抗體濃度窗口非常狹窄(0.64-400 ng/mL);相比之下,結合表位不同的IgG DV62.5則在所有測試濃度(從0.64 ng/mL起)下均能支持ADE,表明其引發(fā)ADE的風險窗口更寬。


圖5. Fab A9E結合使immZIKV顆粒不穩(wěn)定,可預防其他抗體引起的ADE

通過將無法結合Fc受體的A9E Fab片段或經(jīng)過LALA突變(喪失Fc受體結合能力)的A9E IgG,與固定濃度的增強性抗體DV62.5共同作用于immZIKV,結果顯示兩者均能有效抑制甚至完全消除由DV62.5/immZIKV復合物引發(fā)的ADE效應。其中,LALA突變體IgG A9E的抑制能力尤為突出,在極低濃度(0.064 nM)下即可抑制50%的ADE活性。這證明了A9E抗體及其改造變體具有阻斷有害ADE效應的潛力。

綜上,該研究系統(tǒng)闡明了一種超強效人源抗體A9E針對寨卡病毒所有成熟狀態(tài)的廣譜中和機制,并揭示了其規(guī)避抗體依賴性增強(ADE)風險的獨特優(yōu)勢。通過高分辨率冷凍電鏡結構解析,研究者發(fā)現(xiàn)A9E結合于病毒E蛋白上一個由結構域I、III及其連接區(qū)組成的獨特表位,該結合在不同成熟狀態(tài)的病毒顆粒上高度保守。功能研究表明,A9E主要通過聚集病毒顆粒、阻斷其與宿主細胞附著來發(fā)揮強效中和作用,且能誘導病毒表面結構發(fā)生變形,尤其對未成熟病毒顆粒更為顯著。更重要的是,盡管A9E自身在極窄濃度范圍內(nèi)仍可引發(fā)ADE,但其Fab片段或經(jīng)過Fc功能域改造的LALA突變體能有效抑制其他增強性抗體介導的ADE效應。這些發(fā)現(xiàn)不僅從原子層面揭示了A9E的作用機理,也為其進一步開發(fā)為一種能同時應對病毒異質(zhì)性和ADE風險的安全治療性抗體提供了關鍵依據(jù)。

https://doi.org/10.1073/pnas.2502522122

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