大佬是怎么用TCGA數(shù)據(jù)做免疫分析的？

胰腺癌素有“癌王”之稱，對化療、放療乃至免疫治療都極為抵抗。其腫瘤微環(huán)境通常表現(xiàn)為免疫荒漠，缺乏能夠激活 T 細胞的樹突狀細胞，而抑制性 T 細胞（如Treg）卻大量存在，導致免疫系統(tǒng)無法識別和攻擊癌細胞。

胰腺炎相關的炎癥可能先于或與胰腺導管腺癌（PDAC）同時發(fā)生（Inflammation and tissue damage associated with pancreatitis can precede or occur concurrently with pancreatic ductal adenocarcinoma）。2024年6月，Science期刊發(fā)表題為Type I conventional dendritic cells facilitate immunotherapy in pancreatic cancer的研究論文，發(fā)現(xiàn)胰腺炎（胰腺發(fā)炎）雖然會加速胰腺癌發(fā)展，但改善了免疫治療效果。

研究發(fā)現(xiàn)，伴隨胰腺炎的胰腺癌（ptPDAC）中，經(jīng)典型樹突狀細胞(cDC1)被大量激活，它們能激活免疫系統(tǒng)識別并攻擊癌細胞。研究人員開發(fā)出一種 cDC1疫苗，聯(lián)合免疫檢查點抑制劑（如抗CTLA-4 + 抗PD-1），在多種小鼠模型中實現(xiàn)胰腺癌的完全消退，甚至建立長期免疫記憶。

用人類患者數(shù)據(jù)驗證，DC多，活得久。左上圖：組織切片圖，顯示CD11c+ DCs（棕色）與CD8+ T 細胞（紅色）緊密相鄰。右上圖：點狀分布圖，顯示CD11c+ DC數(shù)量與CD8+ T 細胞數(shù)量呈強正相關。下圖：兩條生存曲線。cDC1高表達的患者，生存期顯著更長。僅有CD8+ T 細胞多不足以預測生存。通過120例胰腺癌患者的組織樣本分析，發(fā)現(xiàn)腫瘤中CD11c? DC越多，患者生存期越長；通過TCGA數(shù)據(jù)挖掘證實，cDC1特異性標志物（如BATF3）高表達的患者，預后明顯更好。

芒果之見：轉化是提升研究意義的關鍵，作者用TCGA數(shù)據(jù)做免疫浸潤分析，探究免疫細胞標志物和免疫細胞對預后的影響，而且從泛癌角度出發(fā)，提供了數(shù)據(jù)挖掘的新思路。