浙江
昨天，同濟大學發布情況說明：針對近日網絡上對我校教師王某發表的相關論文數據存疑的反映，學校高度重視，已成立調查組，啟動調查程序。學校一貫對學術不端行為秉持「零容忍」態度，將根據調查情況嚴肅認真處理。
圖源：同濟大學
2024 年 11 月，這篇題為Human HDAC6 senses valine abundancy to regulate DNA damage的論文發表于Nature。論文提出，HDAC6 可能作為細胞內感知 valine 水平的關鍵分子，并進一步影響 TET2、DNA 去甲基化和 DNA 損傷。由于這一研究同時涉及營養感知、表觀遺傳調控和腫瘤治療，它在發表后很快引起了廣泛關注。
但隨后，這篇論文也在 PubPeer 上引發了持續討論。起初，討論主要集中在圖片和圖版展示上；后來，部分讀者進一步把注意力轉向了文中的定量數據，認為其中存在值得認真核查的異常模式。
當然，不是論文上了 PubPeer 就要被一棒子打死，想弄清事情原委，還是得一件一件仔細掰扯清楚。
01 這篇論文究竟研究了什么？
這篇論文真正想提出的新意，不是「HDAC6 參與了某條通路」，而是把它提升成了一個 valine 傳感器。作者聲稱，HDAC6 可以通過一個靈長類特有的 SE14 重復區直接結合 valine；當 valine 缺乏時，HDAC6 會從細胞質進入細胞核。
圖片來源：Nature
接下來，論文把 HDAC6 和 TET2 聯系了起來。
按照作者的模型，HDAC6 進入細胞核后會影響 TET2 的活性，推動 DNA 去甲基化，并進一步通過后續過程增加 DNA 損傷。換句話說，作者試圖建立一條相當完整的鏈條：valine 水平變化 - HDAC6 入核 - TET2 活性變化 - DNA 損傷增加。
論文后半部分又將這條鏈條和腫瘤聯系起來。
作者在移植瘤和患者來源移植瘤模型中報告說，限制 valine 的飲食可以抑制腫瘤生長，并增強 PARP 抑制劑的效果。文中還比較了不同限制強度，認為 0.41% valine 的飲食條件在抑瘤作用和副作用之間表現出一個相對可接受的平衡。
如果只看主線，這篇論文的敘事確實很完整：一個營養分子，一個新的感知機制，一條通往 DNA 損傷的分子路徑，最后再落到潛在治療啟發上。這也是它在發表時會迅速受到關注的原因。
02 最早的質疑，首先來自圖片問題
正因為這篇文章備受關注，所以網友們也提出了不少問題。
最早幾條質疑，集中在免疫熒光圖像的重疊和圖版錯放上。有讀者指出，不同圖中出現了可疑的重疊區域；隨后作者之一公開回復，承認存在圖版誤放，并表示已聯系期刊處理。
圖片來源：PubPeer
如果事情只停在這里，那么它更像一篇高水平論文里并不光彩、但也并非完全罕見的圖版整理問題。真正把爭議推向更嚴重方向的，是后續讀者開始分析這篇論文的定量數據本身。
PubPeer 上最受關注的一組質疑，集中在圖 4c。根據原論文圖注，這一部分是對 γH2AX 陽性細胞比例的定量，每組統計了 35 個顯微視野。有評論者先指出，部分數據的小數位分布顯得異常整齊；隨后又進一步指出，在作者公開的這組數據中，把某一列逐行都加上 0.3%，就能得到旁邊一列本應獨立的數據；類似地，還有列與列之間呈現逐行加上 2.15% 的關系。
圖片來源：PubPeer
作者隨后在 PubPeer 上回應稱，這些數值來自 Gen5 軟件對圖像的分析，再按「陽性細胞數除以總細胞數」換算得到，并貼出了更詳細的原始計數表，試圖說明這些百分比的來源。也就是說，作者的解釋并不是「數據錄錯了」，而是「軟件分析和計算流程就是這樣得到的」。
但質疑并沒有因此結束。
之后有評論者繼續指出：即便接受作者給出的原始計數，這些本應來自獨立視野、獨立計數的數據，仍然出現了連續 35 行保持完全相同 0.3% 差值的情況。更進一步，有評論者基于概率計算認為，這種現象偶然發生的可能性極低。這里需要特別說明的是，評論者的統計論證，不是期刊已經給出的正式結論。
但正是這種分析，讓爭議從「圖片問題」升級成了「數據生成邏輯問題」。
另一組高度集中的質疑則針對圖 4f。
圖片來源：Nature
評論者指出，作者后來貼出的這一組詳細數據中，70 個百分比數值全部只有 1 位小數。表面上看，這像是四舍五入；但評論者進一步對照作者給出的陽性細胞數和總細胞數后認為，很多值并不只是常規四舍五入，而是恰好落在「只會出現 1 位小數」的特殊分數位置上。基于這一點，評論者認為，如果這些值真是獨立測得，那么全部都呈現這種格式的可能性也是非常低的。
后續評論并不只盯著圖 4c 和圖 4f。還有評論者指出，把圖 4c 的 8 列數據畫成折線后，其中 7 列的曲線形態都異常相似；同一條評論還列舉了擴展圖 5c、圖 5f、擴展圖 6c、擴展圖 6m 等位置，認為來自不同實驗的數據之間出現了一對一對應或高度相似的曲線模式。
圖片來源：PubPeer
換句話說，部分讀者擔心的問題已經變成——
這些原本應該彼此獨立的實驗結果，為什么會像一個模子刻出來的。
關于上述質疑的具體內容，大家可以移步 PubPeer，看看評論者的觀點和作者的回應。
03 目前事件進展如何？
截至目前，Nature已于 2025 年 7 月發布作者更正，明確說明原文中存在三處圖版準備錯誤：圖 2f 中某組 DAPI 與合并圖被對調，擴展數據圖 7k 中 60 小時的圖片誤取自 48 小時圖像，擴展數據圖 10e 中兩組腫瘤切片圖片不正確。
期刊同時說明，修正后的圖片已更新到網頁和 PDF 版本，原始錯誤版本則作為補充材料保留。
圖片來源：Nature
最新一條作者公開回復來自通訊作者 Ping Wang。他表示，團隊已經啟動對原始數據和實驗記錄的重新檢查，正在進行一次全面復核，并會在完成后盡快通知期刊。
圖片來源：PubPeer
換句話說，這件事現在處在一個比較明確、但還沒有完全結束的階段：原論文還在，期刊更正已經發布，讀者的更深層質疑仍在繼續，而作者也表示正在全面復核。
對這類事件，大家最容易出現兩種極端判斷：一種是「既然出了這么多問題，這篇論文肯定已經徹底不成立」；另一種是「期刊只是發了更正，說明問題不大」。當然，這兩種說法都過絕對，咱們還得讓子彈再飛一會。
這場爭議最值得關注的地方，也并不只是「又有一篇高水平論文出了問題」，而是它提醒我們——
一篇論文真正經不經得起推敲，往往不取決于故事講得多完整，而取決于那些最具體的圖片、最不起眼的計數、最枯燥的定量數據，能不能在別人逐項核查時站得住。
論文發表不是終點，真正的檢驗，很多時候發生在發表之后。
題圖來源：圖蟲創意
我們長期為科研用戶提供前沿資訊、實驗方法、選品推薦等服務，并且組建了 70 多個不同領域的專業交流群，覆蓋PCR、細胞實驗、蛋白研究、神經科學、腫瘤免疫、基因編輯、外泌體、類器官等領域，定期分享實驗干貨、文獻解讀等活動。
添加實驗菌企微，回復【】中的序號，即可領取對應的資料包哦～
【2401】論文寫作干貨資料（100 頁）
【2402】國內重點實驗室分子生物學實驗方法匯總（60 頁）
【2403】2024 最新最全影響因子（20000+ 期刊目錄）
【2404】免疫學信號通路手冊
【2405】PCR 實驗 protocol 匯總
【2406】免疫熒光實驗 protocol 合集
【2407】細胞培養手冊
【2408】蛋白純化實驗手冊
【2501】染色體分析方法匯總
【2502】國自然中標標書模板
【2503】WB 實驗詳解及常見問題解答
【2504】DeepSeek 論文寫作常用口令
【2505】中國科學院期刊分區表（2025 年最新版）
【2506】期刊影響因子（2025 年最新版）
【2507】130 種實驗室常用試劑配制方法（附全套資料）
【2508】常見信號通路
【2509】限制性核酸內切酶大全
特別聲明：以上內容(如有圖片或視頻亦包括在內)為自媒體平臺“網易號”用戶上傳并發布，本平臺僅提供信息存儲服務。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
