海南
另一邊N也在四處救援被等離子隊抓捕的寶可夢，在與小智等人再次相遇后他們還一同展開行動，同時小智讓大木博士召回了噴火龍并進行遠程傳輸。接著小智的噴火龍還與艾莉絲的快龍展開了一場巔峰對決，就這樣噴火龍再度回歸小智身邊。
之后大家遇到了N先生的同伴巴貝娜與荷蓮娜，原來三人曾被等離子隊的首領魁奇思收養利用，不過他們發現了魁奇思的陰謀后就脫離了等離子隊。
接著大家來到了此行目的地龍螺旋之塔，這里有著一顆光明石傳聞是萊希拉姆的另一種形態。就在這時等離子隊襲擊而來，他們想要復活操控萊希拉姆以此獲得神之力量，隨即兩方爆發了激烈的交鋒。過程中皮卡丘被電波操控失去意識，無奈之下N交出了光明石以此為條件讓等離子隊中斷電波。
此刻獲得光明石的等離子隊開始復活儀式，在漫天的烈焰中萊希拉姆從光明石中現出身形，見狀魁奇思通過電波機器操控了萊希拉姆，同時他還不守諾言的再度用電波控制了皮卡丘等寶可夢。千鈞一發之際皮卡丘靠著與小智的羈絆恢復神智，火箭隊也幫助皮卡丘攔下了其他被操控的寶可夢。
隨即皮卡丘用強力的電勁破壞了電波發射裝置，因此等離子隊的陰謀被成功瓦解國際刑警將其逮捕。就此風波告一段落萊希拉姆也返回云層，而N先生則是選擇與兩位女伴再次展開旅行。
一段時間后小智決定通過水路返回關東地區，這個航線會經過杰可羅拉群島，艾莉絲和天桐也繼續陪同小智進行最后的冒險。在杰可羅拉群島中大家見到了許多新奇的寶可夢領略了無數美麗的風光，也留下了數不盡的歡聲笑語。小智甚至又培育出了一只巴大蝶并且與對方揮淚作別，同時眾人還結識了來自卡洛斯地區的新朋友三色堇。
不過天下沒有不散的宴席，再長的航行也終有靠岸的一天。不知不覺間大家來到了枯葉市彼此也到了分別之時，一路的相伴他們都互相從對方身上學到許多。今天艾莉絲將前往煙墨道館進行修行，天桐也會在關東地區獨自歷練，于是眾人選擇在動車站分手。
當車門關上的一刻也意味著新旅途的開啟，之后小智與三色堇一同返回真新鎮，再一次見到母親，再一次見到曾經的寶可夢同伴。小智的心間涌起了對未來的無限熱情，他的夢想沒有改變，他要成為世界第一的寶可夢大師。
下一站將會是三色堇的故鄉卡洛斯地區，小智立志要在那里的聯盟大賽中獲得冠軍。對此母親雖然不舍，但也同樣希望能夠早日聽到兒子奪冠的歡呼。她為小智做好了新的衣服與新的帽子，這份守護將會永遠陪伴小智。
就此神奇寶貝第四部超級愿望落下尾聲，即將揭開的會是卡洛斯地區的冒險以及甲賀忍蛙。后續的故事更加精彩，我們不見不散。謝謝大家，拜拜！
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