地球上每一個生命的藍圖都蘊藏于DNA之中。而如何理解這段基因密碼,不僅關乎醫學診斷與疾病治療,更牽動整個生態系統的存續與平衡。
自20世紀60年代DNA雙螺旋結構揭示以來,生物學進入分子時代。五十載光陰中,分子遺傳學、免疫學、細胞生物學等新興學科不斷涌現,生命之謎被逐步揭開。
進入21世紀后,我們邁入“后基因組時代”,研究重點從基因測序轉向功能解析與系統整合。
2018年,一項涉及全球生態的宏大項目——“地球生物基因組計劃”(Earth BioGenome Project,EBP)正式啟動,旨在全面解碼地球生物的基因圖譜。
作為EBP的英國部分,Wellcome Sanger威康桑格研究所(以下簡稱桑格研究所)發起了“生命之樹計劃”,目標是對不列顛及愛爾蘭群島的7萬個物種進行基因組測序。
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盡管研究范圍聚焦英國,其數據卻具有全球意義——目前,該研究所貢獻了EBP項目中超過70%的基因組數據,所有數據均向全球研究者開放。
然而,要真正釋放這些基因數據的價值,離不開強大的計算能力支撐。
以現代基礎架構
解碼生命之謎
隨著測序物種不斷擴展、數據量呈指數級增長,傳統的分析方式已難以應對日益復雜的基因解析任務。
正是在這一背景下,高性能計算與智能系統成為推動基因研究從“讀取”走向“理解”的關鍵力量。
為充分發揮現代算力與基礎架構在解碼生命密碼方面的潛力,威康桑格研究所與戴爾科技集團建立了長期且深入的合作關系。多年來,研究所持續依托戴爾的高性能計算解決方案,推動多項開創性基因組研究的開展。
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目前,桑格研究所的本地數據中心已管理超過100PB的精選基因數據,如何高效管理這一龐大資源并充分挖掘其科研價值,已成為研究所面臨的核心課題。
與此同時,基因組測序的復雜性要求計算基礎設施的變革性進步,部分物種的研究基因組的復雜性極高。
例如槲寄生生物,其基因組規模是人類基因組的30倍。解析這樣的生命密碼,亟需前所未有的高性能計算架構。
正因如此,桑格研究所準備進一步擴大合作,引入戴爾先進的計算基礎設施,以推動基因組測序與組裝走向更高精度與更快速度。
打破不可能的界限
實現基因解碼飛躍
該項目由研究所信息學支持小組負責人Peter Clapham博士領導,管理超過5萬個高性能計算核心,而搭載英特爾CPU和NVIDIA GPU的Dell PowerEdge XE系列服務器成為其基因組引擎的基礎。
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Dell PowerEdge XE系列是專為HPC超級計算群集設計的高性能應用程序服務器,十分適用于大規模自然語言處理、神經網絡應用程序等計算密集型工作負載。
強大的算力助推之下,原本難以企及的槲寄生基因組被成功解析,打開了以往不可觸及的研究路徑。
更令人矚目的是效率的躍升:如今,桑格研究所每七小時即可完成一個基因組的測序與組裝,而在早期,完成一份基因組草圖需耗時數年。
“在特定的項目中,我們從十年生成三個基因組,發展到每七小時生成一個。這種速度與質量的轉變,正在重新定義科學可能性的邊界。”
——Dr. Kerstin Howe
威康桑格研究所生產基因組學負責人
敏捷數據管理
本地驅動基因創新
面對每日產生的海量基因數據,桑格研究所對本地基礎設施的選擇尤為關鍵,超過100PB的精選基因序列數據使其管理復雜度前所未有。
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此外,戴爾鈦金合作伙伴Boxxe作為系統集成商,保障了系統部署的高標準與一致性。
結合戴爾科技集團為其提供的本地基礎設施,不僅使得該研究所能夠滿足當前的需求,同時也研究所未來的擴展及其他大型數據中心的協同鋪平了道路。
“戴爾和Boxxe的協作,確保了我們的系統能夠以有效、一致的方式部署,使我們能夠根據需要持續構建、擴展并演進我們的技術平臺。”
——Dr. Peter Clapham
威康桑格研究所信息支持小組組長
賦能全球科學研究
推動生命科學的未來
戴爾科技集團始終致力于以科技創新推動人類進步,而與威康桑格研究所的合作,正是這一使命的生動體現——通過構建面向智能時代的高性能計算基礎,助力科學家揭開DNA中潛藏的奧秘。
這些發現,不僅守護著瀕危物種,更在全球生態保護與生物醫學發展中,播下希望的種子,為每一段生命密碼,賦予解碼的可能。
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